Den ideologiska grunden för förintandet av handikappade, liksom av  judar och romer samt för massmorden på den slaviska befolkningen i Östeuropa, hade stöd i allmänt spridda teorier om människors olika värde. Idéer om rasrenhet och rasförädling hade existerat långt innan nazisterna kom till makten. Särskilt i USA och  Skandinavien stödde högt uppsatta personer inom medicin och vetenskap idéer om obligatorisk sterilisering av vissa "defekta" grupper av befolkningen. Världens första rasbiologiska institut grundades i Sverige redan 1921, efter ett riksdagsbeslut. Här mättes och vägdes tusentals skallar och kranier, vars skillnader enligt dåtidens forskare på ett "objektivt" sätt skulle bevisa att biologiska och fysiska kännetecken, som exempelvis skallens storlek, också innebar skillnader i intelligens.

Eutanasiprogrammet var det första av nazisternas systematiska massmord och i det kan man urskilja förarbetet för "Den slutliga lösningen av judefrågan" - det makabra etniska folkmord som  kom att utspelas i de nazistiska dödslägren. Nazisternas "dödshjälpsprogram" innefattade avlivning med gas, giftinjektioner och systematisk svält till döds. Selektioner, hemliga transporter, beslagtagande av kläder och personliga tillhörigheter samt bränning av lik är andra moment i eutanasiprogrammet som påminner om dödslägren i Polen. Många nazifunktionärer från T4-aktionen återfanns senare i Polen, där de deltog i upprättandet av dödslägren Belcez, Sóbibor och Treblinka (den s k Aktion Reinhardt).

I motsats till de andra offren för nazisternas mordapparat - judar, romer, homosexuella och Jehovas vittnen - blev de handikappade inte avlivade i dödslägren. I stället blev de systematiskt dödade på olika statliga institutioner och sjukhus där de bodde eller vistades tillfälligt för vård och behandling, eller dit de förts från olika kliniker för att avlivas.

Eutanasiprogrammet inleddes med morden på handikappade barn. Planeringen av dessa mord skedde under sommaren 1939.  Barnmorskor och läkare beordrades att inrapportera alla barn som fötts med handikapp, officiellt för att förbereda stöd och hjälp till barn med "allvarliga medicinska tillstånd". Rapporterna gick till den nybildade "Rikskommittén för vetenskaplig registrering av allvarliga arvs- och anlagsrelaterade lidanden". Myndigheten hade ansvar för rashygien och befolkningspolitik i Nazityskland och bestod av gräddan av läkare och vetenskapsmän. 

I oktober 1939 påbörjade man mördandet av samhällets mest sårbara och försvarslösa: Handikappade barn. Nyfödda, småbarn och barn upp till 12 år, med Down´s syndrom, cerebral pares och andra handikapp placerades på speciella barnkliniker, där de mördades genom giftinjektioner och överdoser av medicin eller svältes till döds. Barnens öde avgjordes av "experter" som fattade sina beslut enbart utifrån de formulär som barnmorskor och läkare fyllt i. Ett plus eller ett minus talade om vem som skulle få leva och vem som skulle dö. Man beräknar att omkring 5 000 handikappade barn dödades 1939-1945.